極寒の地・ロシアで、売人から極めて危険なウイルス『BLOODY-X』を手に入れた謎の女テロリスト・折原マヤは、東京でロシアの工作員を殺害し、主人公・高木藤丸の通う弥代学院へ生物教師として赴任して来た。
藤丸は普段、無気力でだらしがない普通の少年であるが、影では天才的なハッキング能力を持つ、正体不明のカリスマハッカー『ファルコン』として、父・竜之介が所属する公安の一組織『THIRD-i』の仕事を手伝っていた。
テロリストの目的は、中性子爆弾の東京での起爆・天才ハッカー『ファルコン』および治安維持組織『THIRD-i』の監視・『ブラッディ・マンデイ計画』実行の三つ。
テロ計画に巻き込まれた藤丸は、そのハッキング技術を駆使してテロリストたちに立ち向かうことになり……。
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